Το ακανθώδες ζήτημα των μυστικών κονδυλίων ήταν, σύμφωνα με πληροφορίες, το βασικό σημείο διαμάχης ανάμεσα στον πρώην υπουργό Εξωτερικών, Νίκο Κοτζιά, και τον υπουργό Εθνικής Άμυνας, Πάνο Καμμένο.
Ο έλεγχος των μυστικών κονδυλίων απασχόλησε το υπουργικό συμβούλιο, όταν ο Ν. Κοτζιάς εξέφρασε τη δυσαρέσκειά του ως προς την κάλυψή του για το θέμα τόσο από άλλους υπουργούς όσο και από τον πρωθυπουργό, αν και τα «μυστικά κονδύλια» του ΥΠΕΞ είναι τα μοναδικά που «περνούν» από τη Βουλή από το 2017.
Σύμφωνα με τον Ελεύθερο Τύπο, ο διάλογος στο υπουργικό έχει ως εξής:
Κοτζιάς: Προτείνω να ησυχάσουμε, να σιωπήσουμε και να περιμένουμε τις εξελίξεις στα Σκόπια
Καμμένος: Δεν μπορεί να με υποκαθιστά ο υπουργός Εξωτερικών και να μαθαίνω από τρίτους τι γίνεται και ιδίως ότι χρησιμοποιεί με αδιαφάνεια τα 45 εκατ. ευρώ των «μυστικών κονδυλίων» και να τα σκορπίζει
Κοτζιάς: Πια 45; 11 εκατ. ευρώ έχω στο υπουργείο Εξωτερικών και από αυτά το 50% πάει στην Εκκλησία. Και μάλιστα δεν τα δίνω εγώ, τα δίνει το υπουργείο Οικονομικών. Ευκλείδη πες του σε παρακαλώ!
Τσακαλώτος: (...)
Παππάς: (...)
Βίτσας: Νομίζω ότι αυτά δεν αφορούν το υπουργικό συμβούλιο
Τσίπρας: Αυτά είναι διαπροσωπικές διαφορές. Καλύτερα να προχωρήσουμε.