Αγωγή κατά του Παύλου Πολάκη κατέθεσε ο πρόεδρος και διευθύνων σύμβουλος της Κεντρικής Κλινικής Αθηνών, αλλά και ιδρυτής του «Ιδιωτικού Πολυϊατρείου Θήρας» Γιώργος Παπαγιαννόπουλος για όσα καταλόγισε εναντίον του ο αναπληρωτής υπουργός Υγείας τόσο από το βήμα της Βουλής στις 15.3.2017 όσο και από την εκπομπή «Δεύτερη Ματιά» της ΕΡΤ στις 19.2.2019.
Συγκεκριμένα, ο κ. Πολάκης, μιλώντας στην Ολομέλεια της Βουλής και απευθυνόμενος στον βουλευτή του ΚΙΝΑΛ, Λεωνίδα Γρηγοράκο, άφησε υπονοούμενα για τον κ. Γιώργο Παπαγιαννόπουλο, «φωτογραφίζοντάς» τον, λέγοντας «δεν είναι κρυφές οι σχέσεις που έχει με το κόμμα σας [...] με τον τρόπο που δανειοδοτήθηκε για να φτιάξει την Κεντρική Κλινική και το παράρτημα κάτω στην Σαντορίνη…».
Τον Φεβρουάριο του 2019, μιλώντας στην ΕΡΤ και αναφερόμενος στο Κέντρο Υγείας της Σαντορίνης σε αντιδιαστολή με το Κέντρο που λειτουργεί στη Θήρα, ο κ. Πολάκης έκανε λόγο «για τοπική μάχη με την διαπλοκή [...] με ένα ιδιωτικό μαγαζί, ο ιδιοκτήτης του οποίου ήταν παλιό μέλος της Κεντρικής Επιτροπής του ΠΑΣΟΚ [...] και έχει φτιάξει την κλινική του και στην Αθήνα [...] και εκεί πέρα με χρηματοδότηση από τον [...] Παναγιώτη Λάμπρου της Αγροτικής Τράπεζας, την περίοδο του Χρηματιστηρίου…».
Οι πιο πάνω δημόσιες τοποθετήσεις του κ. Πολάκη προκάλεσαν την έντονη αντίδραση του προέδρου της Κεντρικής Κλινικής Αθηνών, που κατέθεσε αγωγή εναντίον του Παύλου Πολάκη, από τον οποίο ζητά αποζημίωση 50.000 ευρώ.
Ο κ. Παπαγιαννόπουλος υποστηρίζει ότι τα λεχθέντα από τον αναπληρωτή υπουργό Υγείας είναι απολύτως ψευδή και αποτελούν συκοφαντική δυσφήμιση, πλήττοντας βάναυσα και αναίτια την προσωπικότητα και την επαγγελματική του υπόσταση.
Μιλώντας στον skai.gr, ο κ. Παπαγιαννόπουλος χαρακτήρισε μονόδρομο την παραπομπή της υπόθεσης στις δικαστικές αίθουσες, ενώ τόνισε κατηγορηματικά πως ουδέποτε υπήρξε μέλος της Κεντρικής Επιτροπής του ΠΑΣΟΚ, ενώ σε ότι αφορά την λήψη δανείου, το 1999, από την Αγροτική Τράπεζα, ύψους τεσσάρων δισ. δραχμών, αυτή έγινε με εγγύηση του συνόλου της κινητής και ακίνητης περιουσίας του, όπως ανέφερε, και έχει αποπληρωθεί στο σύνολό του.
«Ο αναπληρωτής υπουργός Υγείας [...] προσπάθησε εντέχνως να δημιουργήσει κλίμα "διαπλοκής" και όχι πιστοληπτικής φερεγγυότητας, σε ότι αφορά την δανειοδότηση της Κεντρικής Κλινικής Αθηνών από την Αγροτική Τράπεζα και τον Πέτρο Λάμπρου, αναφέροντας ψευδώς ότι ήμουν μέλος της ΚΕ του ΠΑΣΟΚ», τόνισε ο κ. Παπαγιαννόπουλος για να προσθέσει: «Και για να ρίξει περισσότερη λάσπη στον ανεμιστήρα της προσβολής της τιμής και της υπόληψής μου, προσπάθησε να συνδέσει την δανειοδότηση με την περίοδο του Χρηματιστηρίου, όπου χιλιάδες συμπολίτες μας έχασαν τις περιουσίες τους».