O Παρθενώνας διατηρούσε κάποια μέρη των πλευρικών τοίχων του, και μάλιστα σε ύψος 11 μέτρων, μέχρι την έναρξη της Επανάστασης του 1821. Συνεπώς, είναι εσφαλμένη η εντύπωση ότι οι τοίχοι του ναού είχαν καταστραφεί ολοσχερώς από την ανατίναξη του 1687, σύμφωνα με τον ακαδημαϊκό Μανώλη Κορρέ. Ο κ. Κορρές είχε μιλήσει στην πανηγυρική συνεδρία της Ακαδημίας Αθηνών για τον εορτασμό της εθνικής μας επετείου, με θέμα «Η Ακρόπολις των Αθηνών κατά την Επανάσταση του 1821». Μεγάλη καταστροφή επήλθε στους τοίχους αυτούς, όπως και στους κίονες του ναού, κατά τη διάρκεια της πολιορκίας του Ιερού Βράχου από τους Ελληνες ενόσω οι Τούρκοι είχαν οχυρωθεί εκεί, όπως είπε.
Ο κ. Κορρές έκανε μια αναδρομή στην ιστορία της οχύρωσης και των καταστροφών που υπέστησαν διαχρονικά τα μνημεία της Ακρόπολης, και θύμισε ότι οι πολιορκούμενοι Τούρκοι το 1822 κατεδάφισαν σωζόμενα τμήματα των τοίχων του Παρθενώνα για να αρπάξουν τον μόλυβδο των αρχαίων συνδέσμων που τους ήταν χρήσιμος για τη χύτευση σφαιρών.
Τότε, ο ερασιτέχνης αρχαιολόγος Κυριακός Πιττάκης, μετέπειτα έφορος Αρχαιοτήτων του νεοσύστατου ελληνικού κράτους, εξέφρασε στον Οδυσσέα Ανδρούτσο τον ευσεβή πόθο να τους δοθούν βόλια για να σταματήσει η καταστροφή του μνημείου. Κάτι που έγινε. Το περιστατικό, το οποίο γνωρίζουμε από τη βιβλιογραφία, ενισχύεται πλέον από τις μελέτες και έρευνες στον Παρθενώνα, όπου ανευρέθηκαν οι διαλυμένοι λίθοι και το συνδετικό υλικό έλειπε. Επίσης, ο κ. Κορρές είπε πως πολλά μάρμαρα χρησιμοποιήθηκαν τότε και ως βόμβες από τους Οθωμανούς. Αποσπάθηκαν περίπου 520 αρχαίοι λίθοι, εκ των οποίων οι 200 τεμαχίστηκαν για διάφορες χρήσεις και οικοδομικές εργασίες.
Η καταστροφή του μνημείου συνεχίστηκε και όταν το κάστρο πέρασε στα χέρια των Ελλήνων. Ο Γιάννης Γκούρας, που γκρέμισε τον Οδυσσέα Ανδρούτσο από τον πύργο δίπλα στα Προπύλαια, δολοφονώντας τον, βρήκε σύντομα κι εκείνος τον θάνατο από τουρκικό βόλι, την ώρα που είχε βγει στο εξωτερικό του Ερεχθείου. Μέσα στο μνημείο είχε εγκαταστήσει την οικία του. Λίγο αργότερα, τουρκική βόμβα κατέστρεψε τη μαρμάρινη οροφή του Ερεχθείου. Οπως αυτή κατέπεσε, σκότωσε τη χήρα του Γκούρα, Ασημίνα.
Μέχρι την ημέρα της απελευθέρωσής του, οι σωροί των πεσμένων μαρμάρων συνεχώς αναμοχλεύονταν από κατεδαφιστές, λιθολόγους και συλλέκτες αρχαιοτήτων. Εν τω μεταξύ, μέχρι το 1843 υπήρχε μέσα στον Παρθενώνα το μικρό τζαμί που είχαν ανεγείρει οι Τούρκοι, το οποίο κατεδαφίστηκε με «μέριμνα» του Πιττάκη. Αυτή η διόλου μεγαλειώδης εικόνα κυριαρχούσε στα λαμπρά μνημεία της αρχαιότητας εκείνη την εποχή. Ακολούθησαν πολλές επεμβάσεις για να έχουμε τη σημερινή εικόνα των μνημείων της Ακρόπολης. Ο Μανόλης Κορρές πάντως τόνισε πως η Ακρόπολη, όπως τη γνωρίζουμε, περισσότερους αιώνες έχει χρησιμοποιηθεί ως οχυρό παρά ως χώρος λατρείας.
Καθώς οι τοίχοι των μνημείων δεν έχουν επιβιώσει ως τις μέρες μας, ο μη υποψιασμένος επισκέπτης μπορεί και να φαντάζεται πως τα αρχαία δημόσια κτίρια είχαν μόνο κολόνες. Δεν είναι καθόλου έτσι. Όλα τα μνημεία είχαν τοίχους και ανάμεσά τους ο Παρθενώνας, στον οποίο οι μαρμάρινοι τοίχοι του σηκού (του εσωτερικού χώρου, δηλαδή, όπου φυλασσόταν το λατρευτικό άγαλμα) ήταν εξίσου εντυπωσιακοί.
Στους αρχαίους ελληνικούς ναούς, σηκός ονομαζόταν ο κύριος εσωτερικός χώρος όπου φυλασσόταν το άγαλμα του θεού (ή της θεάς) στον οποίο ήταν αφιερωμένος. Στην περίπτωση του Παρθενώνα, στο μέρος αυτό φυλασσόταν το περίφημο χρυσελεφάντινο άγαλμα της Αθηνάς Παρθένου, που φιλοτέχνησε ο Φειδίας και είχε κολοσσιαίες διαστάσεις.
Ο τοίχος του σηκού ανατινάχθηκε εν μέρει από την έκρηξη που υπήρξε συνέπεια του βομβαρδισμού του Μοροζίνι (1687) αλλά μεγαλύτερη ακόμη καταστροφή υπέστη κατά την πολιορκία της Ακρόπολης το 1822, όταν οι Τούρκοι έσπασαν τις αρχαίες πέτρες για να αφαιρέσουν το μολύβι. «Το τμήμα που διατηρήθηκε ώς το 1822 ακέραιο, διαλύθηκε μέσα σε έναν μήνα για να ληφθεί ο μόλυβδος και οι πέτρες έμειναν εκεί. Κανείς δεν ήθελε τις πέτρες, τον μόλυβδο ήθελαν», έχει πει σε συνεδρίαση του Κεντρικού Αρχαιολογικού συμβουλίου ο Μανόλης Κορρές. «Οι Τούρκοι με βαριά κατέστρεψαν 500 λίθους. Πεντακόσιους ''τραυματίες'' άφησαν πίσω τους, επειδή ήταν βιαστικοί. Θα μπορούσαν να είχαν καταστρέψει 50 και οι 450 να ήταν ''υγιείς''» είπε χαρακτηριστικά.
Σύμφωνα με τη διευθύντρια της Υπηρεσίας Συντηρήσεως Μνημείων Ακροπόλεως Βασιλική Ελευθερίου, ο τοίχος είχε υποστεί τεράστιες φθορές εξαιτίας της πυρπόλησης του Παρθενώνα από τους Ερουλους, τον 3ο αι. μ.Χ. Οταν ανατινάχθηκε τμήμα του, τα προβλήματα πολλαπλασιάστηκαν. Ετσι, καθώς χτυπούσαν οι Οθωμανοί, οι δόμοι κατέρρεαν.
