Αρκετές και κυρίως σημαντικές αλλαγές στη δομή της κυβέρνησης και των υπουργείων περιλαμβάνει το Προεδρικό Διάταγμα που δημοσιεύτηκε στην εφημερίδα της κυβερνήσεως, ανάμεσα στις οποίες η μεταφορά στο υπουργείο Ψηφιακής Διακυβέρνησης σχετικών αρμοδιοτήτων που ήταν διασκορπισμένες σε άλλα υπουργεία.
Συγκεκριμένα, στο νέο υπουργείο μεταφέρεται από το υπουργείο Οικονομικών η Γενική Γραμματεία Πληροφοριακών Συστημάτων, από το υπουργείο Διοικητικής Ανασυγκρότησης υπηρεσίες για την ηλεκτρονική διακυβέρνηση, από το υπουργείο Οικονομίας και Ανάπτυξης οι διευθύνσεις και τα συστήματα για τις ηλεκτρονικές δημόσιες συμβάσεις.
Επίσης στο νέο υπουργείο Ψηφιακής Διακυβέρνησης μεταφέρεται από το υπουργείο Εργασίας η ηλεκτρονική διακυβέρνηση κοινωνικής Ασφάλισης ΑΕ, από το υπουργείο Παιδείας η εταιρεία «Εθνικό Δίκτυο Έρευνας και Τεχνολογίας» το «Εθνικό Κέντρο Τεκμηρίωσης και Ηλεκτρονικού Περιεχομένου».
Στο άρθρο 2 του Προεδρικού Διατάγματος προβλέπεται συγχώνευση των υπουργείων Προστασίας του Πολίτη και Μεταναστευτικής Πολιτικής σε νέο υπουργείο Προστασίας του Πολίτη και μεταφορά αρμοδιοτήτων στο νέο υπουργείο.
Με το 3ο άρθρο συγχωνεύεται το υπουργείο Διοικητικής Ανασυγκρότησης με το Εσωτερικών και ονομάζεται υπουργείο Εσωτερικών ενώ στο άρθρο 5 αναφέρεται ότι η Εθνική Υπηρεσία Πληροφοριών μεταφέρεται, ως σύνολο αρμοδιοτήτων, θέσεων, και προσωπικού, στον Πρωθυπουργό.
