Ο ΕΟΠΥΥ, ο ασφαλιστικός Οργανισμός που δημιουργήθηκε το 2011 με το δικαίωμα να διατηρεί τη διοικητική και οικονομική του αυτοτέλεια υπό την εποπτεία του Υπουργείου Υγείας, περνά πλέον εξ''ολοκλήρου στα χέρια του εκάστοτε υπουργού Υγείας, με αιφνιδιαστικό Π.Δ που δημοσιεύθηκε, ήδη, στο ΦΕΚ (148/Α/9.10.2017).
Οι νέες πυρηνικές αλλαγές στη λειτουργία του Οργανισμού, αφορούν αυτή καθ'' αυτή τη Διοίκηση του ΕΟΠΥΥ, από την οποία ο Ανδρέας Ξανθός αφαίρεσε πλέον όλες τις διοικητικές και οικονομικές αρμοδιότητες, ενώ όλες οι αποφάσεις θα περνούν αποκλειστικά μέσα από την δική του υπουργική υπογραφή.
Στην πράξη, με το άρθρο 12 του ΠΔ δημιουργείται η Διεύθυνση Οικονομικής Εποπτείας Φορέων Γενικής Κυβέρνησης, στην οποία ιδρύεται τμήμα Οικονομικής Οργάνωσης και Προϋπολογισμού Εθνικού Οργανισμού Παροχής Υπηρεσιών Υγείας, αλλά και ένα νέο Αυτοτελές Τμήμα Εποπτείας Ανάπτυξης και Λειτουργίας (άρθρο 30) μέσα από το οποίο θα λαμβάνονται οι αποφάσεις, χωρίς να απαιτείται συναίνεση του Προέδρου και του Δ.Σ. του Οργανισμού.
Ο νέος ΕΟΠΥΥ θα καθοδηγείται και θα ελέγχεται από τον υπουργό Υγείας για τις δαπάνες, τους προϋπολογισμούς, τις συμβάσεις, την ηλεκτρονική συνταγογράφηση, τις προμήθειες και τη φαρμακευτική δαπάνη, μέσα από Μνημόνιο Συνεργασίας που θα υπογράφει ο Οργανισμός με το Υπουργείο Υγείας, και το οποίο θα περιλαμβάνει μεταξύ άλλων σαφείς οδηγίες «με στόχο την ομαλή εκτέλεση του Προϋπολογισμού του και τη χρηστή οικονομική διαχείριση», όπως αναφέρεται χαρακτηριστικά στο Προεδρικό Διάταγμα.